O magistrado vem divergindo da maioria em casos relacionados ao 8 de janeiro. Em abril, por exemplo, ele votou para absolver 17 pessoas envolvidas nos ataques do 8 de janeiro, em julgamento de réus que atacaram as sedes dos Poderes.

Kassio Nunes Marques, também indicado por Bolsonaro e integrante da Segunda Turma, ficou ao lado de Mendonça no mesmo julgamento e também vem apresentando votos elogiados por bolsonaristas.

Embora essas ações não sejam de responsabilidade da Segunda Turma, a afinidade pode ocorrer também no colegiado, segundo integrantes da Corte.

Fux é o relator do recurso de Jair Bolsonaro contra a decisão do TSE que o tornou inelegível por abuso de poder político e uso indevido do Palácio da Alvorada. O caso caiu com ele após Cristiano Zanin se declarar impedido. 

Com a ida de Fux para a Segunda Turma, há incerteza sobre o destino do processo. Isso porque o regimento do STF não garante automaticamente que o relator leve os processos consigo. 

Na avaliação de auxiliares do Supremo, a Primeira Turma será o local de decisão sobre o caso, porque já foi estabelecido a competência do colegiado. 

Quando há a chamada "prevenção", o ministro que muda de colegiado continua relator, mas o caso segue sendo analisado onde começou. Neste caso, o substituto de Fux na Primeira Turma não votaria. 

A questão da prevenção, porém, já vista de forma diferente e discutida em 2004 pelo plenário do Supremo.

Na época, o então ministro Joaquim Barbosa mudou da Primeira para a Segunda Turma e levou consigo todos os processos que estavam sob sua relatoria, incluindo Habeas Corpus relacionados à Operação Anaconda.

Os réus da operação contestaram essa transferência, alegando que os casos deveriam permanecer na Primeira Turma, onde haviam sido inicialmente distribuídos. A controvérsia girava em torno justamente da Turma "originalmente" competente.

A questão foi levada ao plenário do STF, que decidiu, por maioria, que a prevenção da Turma é uma regra "excepcional" e não absoluta.

O então presidente do Supremo, Nelson Jobim, destacou que, naquele caso específico, cabia ao ministro Joaquim Barbosa julgar os HCs, mesmo após a mudança de Turma. A decisão foi praticamente unânime e teve votos contrários dos ministros Marco Aurélio e Sepúlveda Pertence.

Caso o recurso vá para a Segunda Turma, a composição pode alterar o cenário político do julgamento. Apesar disso, a chance de reversão da inelegibilidade é considerada mínima por integrantes da Corte.

Fux continua relator dos processos que já estavam sob sua responsabilidade. A tendência, porém, é que nos que já tiveram julgamento iniciado na Primeira Turma a análise continua neste colegiado, com o ministro voltando para a turma para participar. Os demais serão julgados na Segunda Turma. 

Há uma dúvida, contudo, em relação aos casos da Operação Lava-Jato, que eram relatados por Edson Fachin, antes de assumir a presidência, e ficaram brevemente com Luís Roberto Barroso. Como já começaram a ser analisados na Segunda Turma, continuam no colegiado. A tendência é que Fux fique como relator, mas pode ocorrer uma redistribuição, caso haja provocação de alguma das partes.

Esses processos incluem investigações contra o ex-deputado Eduardo Cunha, o ex-ministro Geddel Vieira Lima e o empresário Joesley Batista.

A composição da Segunda Turma inclui ainda os ministros Gilmar Mendes, atual presidente do colegiado, e Dias Toffoli.

Gilmar e Fux têm um histórico de embates públicos e divergências profundas, especialmente em temas ligados à Lava-Jato e à atuação do Ministério Público. No entanto, em pautas econômicas e trabalhistas, como ações sobre vínculo empregatício, há tendência para alinhamentos pontuais.

Também há distância na relação entre Fux e Toffoli em alguns temas. Embora sejam amigos próximos, os dois costumam votar em sentidos opostos em processos ligados à Lava-Jato.

Até recentemente, Fachin era o relator da operação na Segunda Turma, onde frequentemente ficava vencido ao lado de Mendonça, que costumava votar favoravelmente à operação.

Com sua ida para a presidência e a herança de seu acervo por Barroso, essa relatoria pode ser redistribuída, tendo em vista que a maioria dos casos já começou a ser julgada no colegiado. O precedente da redistribuição já foi visto em outras ocasiões.

A ida de Fux da Primeira para a Segunda Turma do STF gera incertezas sobre o destino de processos da Operação Lava-Jato. Há precedentes no Supremo que permitem a um ministro continuar julgando processos iniciados na turma anterior, o que Fux deseja fazer — inclusive nos recursos de Jair Bolsonaro. No caso da Lava Jato, ainda há ações remanescentes na Corte, como o caso da Construtora Queiroz Galvão e a decisão que anulou os atos da Lava Jato contra Antonio Palocci, confirmada pela Segunda Turma.

Fux pode influenciar o placar da Segunda Turma, que tem perfil garantista, e sua entrada pode alterar essa dinâmica, dependendo de como se alinhará com os demais ministros. Mendonça, por exemplo, já votou pela validade de atos da Lava-Jato contra Palocci e é o relator da repactuação dos acordos de leniência com empreiteiras, demonstrando afinidade com pautas da operação.

Embora haja a expectativa da formação de um bloco com Fux, Mendonça e Nunes Marques na Segunda Turma, uma análise geral sobre os processos que correm no tribunal mostra outras possibilidades de alinhamento. Conforme mostrou levantamento publicado pelo GLOBO, Fux tinha um alinhamento grande com Barroso, de 73%. Com os demais integrantes da Segunda Turma, mas em julgamentos do plenário, o ministro com quem ele mais concordava, segundo os dados, é Dias Toffoli, de 69%, seguido por Nunes Marque, 63%, e André Mendonça, 50%. A análise foi feita a partir de seis mil julgamentos nos plenários físico e virtual, que ocorreram entre agosto de 2023 e abril de 2024.

A movimentação de Fux é interpretada como uma tentativa de escapar do isolamento que enfrentava na Primeira Turma, especialmente após seu voto pela absolvição Bolsonaro. A decisão gerou desconforto entre os colegas e acentuou tensões internas.